Новый метод уточнения статистики заражений SARS-CoV-2

Ирина Якутенко
Ирина Якутенко

В Nature Communications вышла очень интересная работа [1] группы биоинформатиков, которые научились предсказывать истинное число заразившихся SARS-CoV-2, ориентируясь только на данные расшифрованных геномов, которые во множестве выкладываются в открытые базы. То есть буквально глядя на буковки A, U, G и C, из которых составлены РНК-геномы коронавируса, ученые могут сказать: скажем, в Дании явно болело в 1,5 раза больше народу, чем зарегистрировано в официальной статистике.

Идея инструмента GINPipe проста до гениальности. Мы знаем, сколько примерно времени коронавирус проводит в организме человека до момента, пока тот заразит следующего (примерно 3–5 дней). С другой стороны, мы знаем, как быстро накапливаются мутации при размножении вирусных геномов, — с разными оговорками, это примерно постоянная величина. А значит, степень отличия геномов, выкладываемых в базы, должна коррелировать с общим числом людей, болеющих прямо сейчас. Чем их больше, тем больше будет отличий, и наоборот.

GINPipe загружает из баз данных все недавние геномы, каждый из которых имеет штампик о времени взятия образца, сравнивает их между собой, определяет количество отличий и выводит на основании этих данных размер популяции, в которой вирус размножался, чтобы накопить столько отличий. Ученые протестировали свой инструмент на реальных данных из разных стран, смогли восстановить динамику заболеваний в прошедшие месяцы и даже обнаружили несколько «микроволн», не отраженных в реальной статистике.

Это исследование особенно актуально в связи с повсеместным использованием быстрых антиген-тестов. В России они всё еще в новинку: в соцсетях уже много дней идет буча из-за решения наконец внедрить их в школы — практика, успешно используемая в Европе с конца лета, — но очевидно, что чем дальше, тем больше они будут вытеснять ПЦР. Антиген-тесты позволяют получить результат за несколько минут и, хотя они обладают меньшей чувствительностью, при регулярном использовании позволяют выявлять значительную часть всех зараженных. Ну и плюс они выявляют тех, кто заразен прямо сейчас, что важно при тестировании людей, приходящих на какое-нибудь мероприятие. Но зато с антиген-тестами сложнее наладить оповещение о положительных результатах: условно, человек купил такой тест — в Германии, например, они стоят около 1,5–3 евро и продаются в супермаркетах, — увидел положительный результат, остался дома на несколько дней, но не сообщил о нем властям, потому что не хочет сидеть в карантине. Это плохо, но, будем реалистами, так делают многие. Предложенный в новой работе инструмент позволяет определять реальное число переболевших даже при наличии такого постоянного источника утечек.

Ирина Якутенко

Текст был опубликован в «Фейсбуке»:
facebook.com/irina.yakutenko/posts/10159460005999800

1. Smith, M.R., Trofimova, M., Weber, A. et al. Rapid incidence estimation from SARS-CoV-2 genomes reveals decreased case detection in Europe during summer 2020 // Nature Communications 12, 6009 (2021). (doi.org/10.1038/s41467-021-26267-y)

123 комментария

    1. Предпочтительнее, имхо, указанная Вами выше (и неоднократно, будем точными! — Л.К.) условно называемая так «японская креативность»:
      https://fbm.ru/novosti/science/v-japonii-dostigli-nulevoj-smertnosti-ot-covid-19-pri-chem-zdes-ivermektin.html
      Л.К.
      Не пора ли повернуться лицом к опыту «страны Восходящего Солнца»? (ритор вопр)
      Чем морочить себя несбыточными «вакцинальными » иллюзиями?
      К.

      1. вот мне нравятся японцы.
        пфайзеру они говорят, что официально они ивермектин никогда не рекомендовали
        но косоглазые не запрещают врачам на местах использовать ивермектин.
        результат как говорится на лице.

        а вот последние исследования из Норвегии.
        прививки не уменьшают смертность от короны от слова вообще
        https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.05.21265958v1
         We observed no difference in the LoS for patients not admitted to ICU, nor odds of in-hospital death between vaccinated and unvaccinated patients.

        1. Понятна причина борьбы КПРФ против QR-кодов. Дело в том, что в ГУЛАГе пилили коммунисты, а в электронном концлагере — программисты

    1. Согласен, но не совсем. Дело в том, что при принятии этого закона в течение двух суток в трех чтениях придется не только посылать не имеющие 90 мандатов пару фракций, но и ломать собственную. Зачем? Тем более, что вопросы гражданских больных и вакцинированных иностранными вакцинами, а также не подлежащих вакцинации/ ревакцинации ввиду высокого уровня титров надо решать спокойно.

      1. А сколько веселых развлечений у народа!

        1. Что делать с Кудряшовым?
        2. Кто съел саратовскую лосятину?
        3. Дадут ли Бондаренко пять суток, чтобы приковать к горячей батарее и привить?
        4. Не говорю про 25 ноября…
        5. И вот на этом месте содержательные замечания по законопроекту…
  1. очень интересная статья вышла в PLOS Биология
    https://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1002198
    Короче, если вакцина на останавливает распространение вируса, а только уменьшает тяжесть болезни привитых, то это может крайне плохо кончиться.
    в результате вирус «звереет»: побеждают наиболее смертельные мутации вируса, которые приводят к тяжёлым заболеваниям привитых и в то же время убивают непривитых.

      1. Привитой человек при наличии или при отсутствии реакций на прививку против кори (краснухи, паротита) в любом случае не заразен окружающим.
        а вот привитый от короны легко может быть разносчиком инфекции.
        корона попадает в носоглотку, а там вакцина не создаёт вообще никаких антител.

  2. Ирландия, привито 75% населения, больше чем кто-либо в Европе.
    Вводит комендантский час.
    Американский CDC официально признал, что даже если будут привиты все поголовно, эпидемию это не остановит.
    С другой стороны, народ мрёт от Файзера как мухи.
    В основном Файзер бьёт по сердцу, сосудам и центральной нервной системе.
    Один из 6.000 получает воспаление сердечной мышцы с известными последствиями.
    Вроде как прививки уменьшают госпитализацию и смерть от ковида.
    Общая смертность среди привитых в 2-3 раза выше, чем у непривитых
    Шикарный баланс.

    1. https://ria.ru/20211117/popova-1759525567.html
      «Колеблется вместе с линией…??»
      Но амплитуда имеет тенденцию переходить разумные границы.
      Впрочем, это ныне по части спикера ГД — см. ниже. Он нам всё заранее раз’яснил. Имхо.
      Л.К.

  3. https://www.mk.ru/politics/2021/11/17/v-gosdumu-budut-puskat-po-qrkodam.html
    Лозунг Перестройки — в (био-? не могу знать! но оченно хочу — Л.К.) — массы!
    Л.К.
    Испытание на себе — залог правильного действия любой вакцыны (правописание — по д-ру Чехонтэ) и сопутствующих «мероприятий»: сначала — на себе, затем «на кошечках», а если и опосля не уймутся (что вряд ли), то — на номенклатурных «параллельщикахх».
    А мы посмотрим, как пойдёт.
    К.

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.

Оценить: