С декабря 2020 года вне рамок клинических испытаний началась вакцинация «ЭпиВакКороной» — препаратом, разработанным предприятием ГНЦ «Вектор» [1], — а в феврале планируется массовая вакцинация [2]. Сообщается, что у препарата 100-процентная иммунологическая эффективность [3]. Что это значит? Независимым экспертам или врачам про эту вакцину известно мало. Научных публикаций нет никаких. Вместо заявленной 100-процентной эффективности мы пока что имеем большую научную непрозрачность.
Итак, по порядку: что мы все-таки знаем? Роспотребнадзор сообщает [4]: «Вакцина представляет собой химически синтезированные пептидные антигены трех фрагментов S-белка вируса SARS-CoV-2, конъюгированные с белком-носителем и адсорбированные на алюминий-содержащем адъюванте».
S-белок — это шиповидный белок, он же спайк (spike-protein; в разных текстах его называют по-разному). Пептид — это фрагмент белка. В существующем патенте [5] описано семь пептидов шиповидного белка и несколько возможных белков-носителей. В интервью для СМИ разработчики сообщают, что в качестве носителя в вакцинной разработке используется вирусный нуклеокапсидный белок, продукт экспрессии в кишечной палочке [6]. Полный список пептидов шиповидного белка, их координаты, а также названия доменов и субъединиц, в которых они находятся, приведен в таблице ниже.
| ID | Координаты в белке | Аминокислотная последовательность | Домен | Название домена | Субъединица |
| NO: 1 | 34-53 | RGVYYPDKVFRSSVLHSTQD | NTD | N-концевой | S1 |
| NO: 2 | 166-187 | CTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFK | NTD | ||
| NO: 3 | 403-428 | RGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDD | RBD | Рецептор, связывающий домен | |
| NO: 4 | 454-477 | RLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGS | RBD | ||
| NO: 5 | 626-644 | DQLTPTWRVYSTGSNVFQTR | SD1 | Субдомен 1 | |
| NO: 6 | 1189-1209 | KNLNESLIDLQELGKYEQYIK | HR2 | Гепта-повтор 2 | S2 |
| NO: 7 | 1179-1209 | KEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYEQYIK | HR2 | Гепта-повтор 2 |
Какие три пептида из списка вошли в разработку «ЭпиВакКороны», неизвестно. Как сообщают РИА Новости, цитируя разработчиков, «вакцинные пептиды содержат прежде всего В-клеточные эпитопы, основным источником Т-клеточных эпитопов служит нуклеокапсидный белок» [6].
Что это значит? Попробуем разобраться. Прежде всего стоит объяснить, что эпитоп (он же антигенная детерминанта) — это часть макромолекулы (в нашем случае — вирусного белка или белка из вакцинного материала), которая распознаётся иммунными клетками. То есть это как раз то, что видит иммунная система, и то, что ей помогает понять, какие «приметы» можно различить у «чужеродного агента» (вируса). Не все части макромолекулы «видны» иммунной системе — к каким-то частям макромолекул она «слепа». С этим связана трудность создания пептидных вакцин: пептиды, используемые в качестве антигенных детерминант, не должны располагаться в областях вирусного белка, невидимых иммунному надзору.
Вирус SARS-CoV-2 устроен так, что нейтрализовать его могут только антитела к шиповидному белку. Антитела к нуклеокапсидному белку этого сделать не могут: этот белок находится внутри вирусной частицы, и антитела не могут с ним провзаимодействовать [7]; следовательно, он недоступен для антител в интактном вирусе. Тем не менее нуклеокапсидный белок в качестве антигена (чужеродного вещества) может помочь иммунному ответу (см. ниже). Рис. 1 схематично показывает состав вакцины «ЭпиВакКорона».
Таким образом, первостепенная задача пептидов шиповидного белка из вакцины «ЭпиВакКорона» — стимулировать выработку антител, способных опознать вирус и не дать ему заразить клетку; то есть в пептидах должны находиться видимые для иммунной системы «приметы врага» (вируса) — вирусные антигенные детерминанты. Другие разработчики вакцин решают эту проблему, используя полноразмерный шиповидный белок как антиген: в нем гораздо больше антигенных детерминант [8].
Многочисленные экспериментальные работы [9, 10, 11, 12] показывают, что только небольшая часть пептидов из вирусного шиповидного белка видна иммунной системе человека и может вызывать образование нейтрализующих антител. Эти области белка тщательно откартированы.
В интервью СМИ разработчики сообщают, что пептиды «ЭпиВакКороны» содержат В-клеточные эпитопы [6, 13]. Однако вышеописанные работы показывают, что шесть пептидов, описанных в патенте, расположены во фрагментах шиповидного белка, которые практически невидимы для иммунной системы человека, не могут являться В-клеточными эпитопами и не могут провоцировать производство нейтрализующих антител.
Поэтому к разработчикам вакцины возникают следующие вопросы: у какого процента людей каждый конкретный пептид из вакцины «Вектора» вызывает производство не просто антител, а именно нейтрализующих антител? У какого процента волонтеров, участников первой и второй фаз испытаний, возникают нейтрализующие антитела к каждому конкретному пептиду или хотя бы к одному из набора? Все ли пептиды из трех способны провоцировать выработку нейтрализующих антител? Проводились ли такие исследования по индивидуальным пептидам у людей, а не у кроликов? Нет ли среди трех пептидов, выбранных для производства вакцины, таких, которые представляют собой балласт и не работают ни у одного человека?
Согласно данным экспериментов, описанным в патенте [5], иммуногенность каждого отдельного пептида проверялась при иммунизации кроликов конъюгатом индивидуального пептида с белком-носителем. Однако в настоящий момент уже показано, что то, что в вирусном шиповидном белке лучше видно иммунной системе кролика [14], почти не видно иммунной системе человека [9, 10, 11, 12].
На вирусные белки в организме человека вырабатывается масса разных антител, однако лишь небольшая их часть способна нейтрализовать вирус. В то же время некоторые ненейтрализующие антитела всё же полезны в борьбе с инфекцией. Есть разные механизмы их вовлечения в процесс элиминации как вирусов, так и зараженных ими клеток из организма. Тем не менее именно способность вакцины вызывать производство нейтрализующих антител часто используется как первый (хотя и грубый) критерий оценки ее эффективности. Поэтому хотелось бы знать, каковы титры антител на шиповидный белок у добровольцев — участников клинических испытаний. Пока что эти участники жалуются на отсутствие или на очень маленький титр выявляемых антител (см. ниже).
Стоит заметить, что у вируса SARS-CoV-2, как и у многих других вирусов, есть способ защиты от антител — он заключается в использовании гликанового щита, т. е. молекул полисахаридов, присоединенных к шиповидному белку. Такое присоединение называется гликозилированием: антителам трудно подобраться к участкам белка с присоединенными полисахаридами — их просто не пускает гликановый щит. Хочется заметить, что три пептида из описанных в патенте попадают в «опасную зону» гликозилирования [15]. Так, в белке гликозилируется 165-я аминокислота, а пептид ID NO: 2 начинается со 166-й аминокислоты — это рядом! Кроме того, в шиповидном белке гликозилируется 1194-я аминокислота, которая находится прямо в середине пептидов ID NO: 6 и ID NO: 7. Иными словами, даже если пептиды ID NO: 2, ID NO: 6, ID NO: 7 и спровоцируют выработку антител, то эти антитела, скорее всего, «упрутся» в гликановый щит, при этом они вряд ли смогут нейтрализовать вирус или причинить ему вред другим путем.
Кроме пептидов шиповидного белка, в «ЭпиВакКорону» входит химера вирусного нуклеокапсидного и бактериального белка, связывающего сахар мальтозу. По замыслу разработчиков такой химерный белок должен провоцировать Т-клеточный ответ. Действительно, из литературы [16] известно, что вирусный нуклеокапсидный белок способен стимулировать образование Т-лимфоцитов, распознающих в нем многие эпитопы.
Разработчики заявляют: «Через 5–6 недель после вакцинации у большей части добровольцев, привитых вакциной… наблюдалась индукция выраженного специфического Т-клеточного иммунного ответа, что было обнаружено при анализе клеток крови добровольцев при стимуляции вирусными антигенами в экспериментах ex vivo». Будем надеяться, что разработчики не ограничатся заявлениями, а опубликуют соответствующие наблюдения.
Теперь посмотрим, что происходит с преклиническими и клиническими исследованиями. Краткая схема, суммирующая информацию о сроках проведения этих исследований, показана на рис. 2.
Увы, тут можно только посетовать: вакцина уже введена в гражданский оборот, а публикаций нет никаких, первая и вторая фазы испытаний не закончены. В настоящее время идет третья фаза испытаний, планируется участие трех тысяч человек. При этом трудно представить, как на такой небольшой выборке можно будет оценить протективность вакцины, а именно разницу в заболеваемости между теми, кто получил прививку, и теми, кто получил плацебо.
Увы, маленький размер группы добровольцев — это только одна из проблем третьей фазы испытаний «ЭпиВакКороны». Есть и другие. Добровольцы — участники испытаний объединились в группу [17] и написали коллективное открытое письмо, адресованное Минздраву, Роспотребнадзору и другим ведомствам [18]. Я цитирую: «Мы самостоятельно и за свой счет проверяем у себя уровень антител, однако все полученные результаты ниже референсного значения. „Вектор“ утверждает, что определить нужные антитела можно только их тест-системой, но держит ее в тайне. В такой ситуации возникают сомнения в эффективности вакцины у многих участников исследования и у тех, кто уже успел получить вакцину в рамках гражданской вакцинации. 33% от числа документально подтвердивших свое участие в исследовании сдали такие тесты, и у всех получены отрицательные анализы на антитела (против коронавируса)».
На это письмо уже был получен ответ [19], в котором к использованию рекомендуются тест-системы для иммуноферментного выявления антител к белкам коронавируса SARS-CoV-2 [20]. В письме также говорится: «…проведение… клинических исследований в условиях получения рядом вакцинных препаратов разрешения на применение в Российской Федерации в рамках гражданского оборота создает сложную этическую и научную проблему продолжения контролируемых слепых рандомизированных исследований».
С вышеизложенными утверждениями в ответе Роспотребнадзора трудно не согласиться. У «ЭпиВакКороны» на пути к тому, чтобы стать высококачественным препаратом, хорошо защищающим от вирусной инфекции и вызывающим доверие у специалистов, много серьезных препятствий и проблем, требующих нетривиальных решений. Всё же хотелось бы надеяться, что соответствующая вакцинная разработка станет прозрачнее для общественной и научной экспертизы, а разработчикам удастся в ближайшее время не только опубликовать результаты своих наработок, но и найти надежный способ оценки протективной эффективности этой вакцины против COVID-19 у людей.
Ольга Матвеева,
молекулярный биолог
Благодарность
Автор выражает глубокую благодарность кандидатам биологических наук Елене Кудрявцевой и Алексею Вольфсону за внимательное прочтение текста и конструктивную критику.
- Третьякова Е. А. В Ростовской области началась вакцинация «ЭпиВакКороной» // Официальный портал Правительства Ростовской области. 25 декабря 2020 года.
- Масштабное производство вакцины центра «Вектор» начнется с февраля // Интерфакс. 18 января 2021 года.
- В Роспотребнадзоре заявили о 100%-ной иммунологической эффективности «Эпиваккороны» // ТАСС. 19 января 2021 года.
- ТОП-20 вопросов о вакцине ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» // Роспотребнадзор. 27 января 2021 года.
- Рыжиков А. Б. и др. Патент RU-2738081. Пептидные иммуногены и вакцинная композиция против коронавирусной инфекции COVID-19 с использованием пептидных иммуногенов. Дата регистрации: 7 декабря 2020 года.
- Что ждать от «ЭпиВакКороны». Все о пептидной вакцине против COVID-19 // РИА-новости. 22 января 2021 года.
- Poland G. A et al. SARS-CoV-2 immunity: review and applications to phase 3 vaccine candidates // The Lancet. 2020. V. 396. P. 1595–1606.
- Barnes C. O. SARS-CoV-2 neutralizing antibody structures inform therapeutic strategies // Nature. 2020. V. 588. P. 682–687.
- Zhigang Yi et al. Functional mapping of B-cell linear epitopes of SARS-CoV-2 in COVID-19 convalescent population // Emerging Microbes and Infections. 2020. P. 1988–1996.
- Chek M. P. et al. Two linear epitopes on the SARS-CoV-2 spike protein that elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Nat Commun. 2020. 11.
- Yang Li et al. Linear epitopes of SARS-CoV-2 spike protein elicit neutralizing antibodies in COVID-19 patients // Cell Mol. Immunol. 2020. P. 1–3.
- Farrera-Soler L. Identification of immunodominant linear epitopes from SARS-CoV-2 patient plasma // PLOS One. 2020. 15(9): e0238089.
- Пичугина Т. Что ждать от «ЭпиВакКороны» // Sputnik-news. 22 января 2021 года.
- Ravichandran S. et al. Antibody signature induced by SARS-CoV-2 spike protein immunogens in rabbits // Science Translational Medicine. 2020. V. 12. Iss. 550, eabc3539.
- Watanabe Y. et al. Site-specific glycan analysis of the SARS-CoV-2 spike // Science. 2020. V. 369. Iss. 6501. P. 330–333.
- Le Bert N. et al. SARS-CoV-2-specific T cell immunity in cases of COVID-19 and SARS, and uninfected controls // Nature. 2020. 584. P. 457–462.
- Неофициальная гражданская группа по вакцинации от COVID-19 «ЭпиВакКороной» в «Телеграме» t.me/epivakorona, epivakorona.com/
- Разрешение этической дилеммы плацебников «Вектора»: открытое письмо в Роспотребнадзор. 18 января 2021 года.
- Роспотребнадзор открыт к диалогу с участниками клинических испытаний вакцины «ЭпиВакКорона». 19 января 2021 года.
- Центр молекулярной диагностики ЦНИИ эпидемиологии открывает тестирование на поствакцинальный иммунитет // Роспотребнадзор. 19 января 2021 года.
Опубликован ПРОТОКОЛ
встречи активистов закрытого сообщества в «Телеграмме» с представителями Роспотребнадзора и научного центра «Вектор» https://epivakorona.com/protokol.vstrechi02022021.htm?fbclid=IwAR15lXq0d45qNU-rI8C71DiZVyqntcd-jPFq1LqjN82pfvwcObb68k2f2QI
Спасибо.
Носит конфиденциальный характер?
Л.К.
Нет
Прошу исправить ошибку на рис. 2. Третья фаза клинических исследований включает людей не 18-60, а старше 18. По моим личным наблюдениям, до трети участников этого клинического исследования — лица старше 60 лет. Есть и старше 80 лет.
Мы цитируем Вектор и РИА Новости. Мы не имеем права править цитату, даже если сами авторы ошиблись.
Я буду использовать эту статью на научном семинаре для экономистов. Одним из наших типичных заданий является сравнение нескольких научных публикаций на предмет их качества и достоверности. Сравнение идет по внешним признакам и содержанию с позиций читателя, мало понимающего в узкой теме статьи. Но вынужденного работать с источниками по теме за пределами его узкой компетенции. Для сравнения будет дана разрекламированная статья в журнале Lancet, которая по своему объему, стилю и набору источников похожа на типичную мусорную публикацию из скопусовских исключенцев. Lancet — это пресловутый Q1.
https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00191-4/fulltext
Интересные семинары для экономистов.
Хорошая статья в Ланцете и что Вам не нравится?
Мне ваша статья, Ольга, показалась более доказательной, чем статья в Лансет, поскольку в вашей статье больше узких (непонятных) терминов и более качественная подборка ссылок. Я вроде ДЭН, но все равно в экономике не понимаю всех тонкостей, вынужден вырабатывать косвенные признаки фильтрации статей, чтобы не читать тонны макулатуры.
В экономике мусорными считаются научные публикации в виде микро статьи на две странички, со ссылкой и перефразированием пресс-релизов, со ссылками на публикации многолетней давности далековато от темы, без деталей статистики в виде приложений или ссылок на эти детали. Мусорными были объявлены тысячи подобных публикаций, а скопусовскими исключенцами стали даже несколько журналов Q2. Статья типа обсуждаемой с Лансета в приличном экономическом журнале, не топовом, не пройдет и первичный фильтр секретаря на разборе электронной почты журнала просто по формальным признакам.
Хотя меня никак не устраивает ажиотаж ВВС вокруг этой темы https://www.bbc.com/russian/features-55900813
> Мне ваша статья, Ольга, показалась более доказательной, чем статья в Лансет, поскольку в вашей статье больше узких (непонятных) терминов и более качественная подборка ссылок.
даблфейспалм.жпг
Про корчеватель почитайте.
Странно, что «заминусовли» статью. Кто-то после моей «5» поставил «2» и даже «1».
Поэтому хочу поблагодарить автора и в комментарии за взвешенный разбор имеющейся информации.
Спасибо!
Хочу прокомментировать вот это место:
« В настоящее время идет третья фаза испытаний, планируется участие трех тысяч человек. При этом трудно представить, как на такой небольшой выборке можно будет оценить протективность вакцины, а именно разницу в заболеваемости между теми, кто получил прививку, и теми, кто получил плацебо.»
Статистически значимая оценка эффективности вакцины описывается доверительными интервалами (наиболее часто применяется 95% ДИ).
3000 это общее число участников. При равном разбиении на группу получим 1500 в каждой группе. Судя по испытаниям других вакцин, заболевших в группе плацебо будет пару десятков, а, учитывая спад заболеваемости, даже меньше. Для статистики мало. Если разбиение на группы не равное (как у Спутника), то ситуация для оценки еще хуже.
Вы думаете, другие производители вакцин выкидывали деньги на испытания с десятками (до 45) тысяч участников просто так?
Я думаю, что в начале гонки было важно выйти на регистрацию как можно раньше, желательно первым. Отсюда и такие большие группы.
Именно, что делает — даже при высокой эффективности вакцины, может оказаться, что в маленькой плацебо-группе заболевших нет или меньше ожидаемого — чем меньше группа, тем больше может быть отклонение от среднего по популяции. Впрочем, и переоценка эффективности тоже может произойти.
«Вряд ли доберется » совсем не домыслы — посмотрите сколько было случаев группах в 10-15 раз больше.
Увеличение размера группы увеличивает время рекрутирования, т.е. вполне может замедлить, а не ускорить исследование.
Нет, не делает.
Видите ли, ещё с тех времен, когда разработчиков СпутникV ругали за отчет по 20 случаям (кстати, зря ругали), я сделал «калькулятор ДИ». И посмотрел, как на границы ДИ влияют разные параметры: точечная оценка эффективности, размеры групп, пропорции групп, количество случаев и т.д.
Поэтому мои утверждения основаны на численных экспериментах, а Ваши исключительно умозрительны.
Ольга Матвеева это американский учёный ? Да или нет? Она выступает на голосамерики? Да или нет?ранее она писала тоже самое про вакцину от Гамалеи?
> Да или нет?
Это ложная дихотомия. Есть ещё ответ «неважно».
Микробиолог и вирусолог одно и тоже?, чувствую себя чайником на уши еще что то натягивают.если она микробиолог,какой ,откуда,кто её знает,пусть бодается со своими коллегами,где коментарии коллег?.не могу судить….но в лабораториях и в вирусных центрах работают люди создавшие эти вакцины имеют профильное образование,
Я не микробиолог и не вирусолог. Я молекулярный биолог. В этом году у меня вышла статья про вакцины против коронавирусов в соавторстве с очень известными вирусологами в России.
Про вакцину Гамалеи я говорила, что прежде чем ее массово применять ее нужно проверить в третьей фазе клинических испытаний. Что и было сделано. Вакцина была проверена и показала себя как хорошая вакцина эффективная вакцина. У меня к ней претензий нет.
Узко специализировснные темы трудно раскрывать общественности,тем более делать общественную экспертизу.Специльное образование ,узко профильные знания ….этом не должны судить домохозяйки,слесаря и ведущие теле программ. Все это поле только для специалистов….. Мнение остальных это игра …….
Я являюсь специалистом. Мою статью очень высоко оценили многие коллеги. На учёном совете в Институте Молекулярной Биологии в Москве выступил очень известный иммунолог и рекомендовал всем сотрудникам института ознакомится с моей статье. Он сказал что это очень взвешенная и грамотная статья.
Скажите, пожалуйста, если мы поставили Эпивак 8 и 29 декабря, КП=12, можно уже оставить Спутник? не навредим мы себе двойной вакцинацией? Могут эти вакцины нейтрализовать друг-друга и АТ не будет?
Вакцинироваться Спутником можно в любое время. Я не представляю механизмов по которым вакцины могут нейтрализовать друг друга.
А зачем? КП=12 вроде бы считается положительным результатом.
КП-12 после ЭпиВакКороны может появляться за счёт антител к нуклеокапсидному белку или за счёт антител к His tag, который у ЭпиВакКороны сидит в химерном белке. На него могут образовываться антитела у вакцинированных, которые будут реагировать с His tag у белков в тестовой системе. Короче КП-12 может быть суммой артефактов. Я всем рекомендую вакцинироваться Спутником.
Мы привились ЭпивакКороной более 3 недель назад, антител нет никаких! А у некоторых есть, не понимаю!
Молекулярные биологи и слепили эту безграмотную вакцину. Вы явно не иммунолог, даже если вас кто-то там и похвалил. И в Векторе с иммунологией туго. Вектор создавали совсем для других дел.
Типичная совковая история: начальство (в лице А.Ю. Поповой) — соавтор патента. Не надо никому объяснять, почему ее включили? Лужкова включали в научные статьи, и он слыл специалистом по фотодинамической терапии рака!
Можно ли после вакцинации Эпивак, КП=12, через месяц поставить Спутник? Будет ли защита? не нейтрализуют ли вакцины друг-друга?
Можно. Защита будет от Спутника.
Ольга, извините, что спрашиваю не совсем по теме. Переболел ковидом в декабре, антитела IgG поднялись до 7 и дальше не выросли, прошло 2 месяца. Стоит ли вакцинироваться?
Да!